สมชัย วุฑฒิปรีชา เคยดำรงตำแหน่งรองผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ในช่วงที่มีนายเชาวน์วัศ สุดลาภา เป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร (จากการแต่งตั้ง) และได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่ประธานคณะกรรมการอำนวยการจัดสร้างศูนย์เยาวชนกรุงเทพมหานคร (ไทย-ญี่ปุ่น) ต่อมาเขาได้โอนย้ายมารับราชการในกระทรวงศึกษาธิการ จนได้รับตำแหน่งเป็นเลขาธิการคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ (กปช.) และเป็นปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ในระหว่างปี พ.ศ. 2533-2535[1] และเป็นสมาชิกวุฒิสภา 2 สมัย ในปี พ.ศ. 2535-2539 และ พ.ศ. 2539-2543 ต่อมาในปี พ.ศ. 2535 เขาได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในรัฐบาลนายอานันท์ ปันยารชุน (ครม.47, 49)[2][3]